Guidelines for sample preparation

Special care should be taken during gel preparation and handling in order to avoid contamination with keratin (and/or other contaminants) from reagents and environment.
The best way to avoid keratin contamination is to use specially-prepared solutions for gels to be analyzed by MS and to work as much as possible under laminar flow chamber.
If considerable amounts of keratin are present in the sample, the peptides generated by tryptic digestion of this protein will preclude identitication of other proteins present at lower concentration.

Guía para la preparación de muestras

• Todo envío de muestras debe ser acordado y la solicitud de análisis correspondiente debe ser enviada previamente a: ubypa@pasteur.edu.uy.   
• Las muestras provenientes del exterior deberían acompañarse de un aviso simultáneo (por correo electrónico o por fax) que permita el seguimiento de su arribo.
• La mayoría de las muestras de proteínas pueden enviarse dentro de un micro-tubo de centrifugación tipo Eppendorf de 0.5 o 1.5 mL. Esto incluye a las bandas de geles 1D o a spots recortados a partir de geles 2D. También las muestras de proteínas liofilizadas o desecadas por SpeedVac pueden enviarse de este modo.
•  Es recomendable que las muestras de péptidos y proteínas sean preparadas de manera de estar libres de sales, detergentes, y polímeros. Por lo que se recomienda eliminar estas sustancias interferentes por procedimientos adecuados (desalado por gel filtración o por HPLC en fase reversa, diálisis, precipitación, etc.) antes de concentrar o liofilizar la muestra. El uso de sales volátiles, como bicarbonato, formiato o acetato de amonio es altamente recomendable. De ser necesario, considerar el uso de “octyl glucoside” (o detergentes similares) que resulta más inocuo para esta aplicación.
• Todos los procedimientos involucrados en la preparación y manejo de geles para corridas electroforéticas (productos químicos de partida, preparación de soluciones, preparación de las muestras, operaciones de tinción, revelado y decoloración, corte de bandas o de spots de proteínas, etc.) deben hacerse con reactivos nuevos (o que hayan sido manipulados con precaución) tratando de evitar contaminación con proteínas de tipo queratina (y otras…). Estas proteínas forman parte importante de esa contaminación ambiental y si se incorporan por alguna manipulación inapropiada a las muestras destinadas a medidas por MALDI TOF, en la mayoría de los casos impedirán el análisis de la proteína de interés. Es altamente recomendable que las muestras sean preparadas bajo cámara de flujo laminar.
• Muchos de los protocolos y procedimientos de tinción de geles de uso frecuente son compatibles con el procesamiento posterior necesario para obtener muestras de proteína destinadas a medidas de masa por MALDI TOF. En particular, los procedimientos de tinción con plata que involucran el empleo de glutaraldehído no son compatibles con un análisis posterior por  espectrometría de masa. También se debe tener la precaución de no re-utilizar ninguna bandeja o cubeta de plástico previamente empleada con soluciones concentradas de albúmina, leche en polvo u otras proteínas.